Ao longo de sua história, Ilha Comprida possuiu diversos nomes. Dentre estes estão: Ilha do Mar, Ilha do Mar Pequeno, Ilha Grande da Costa do Mar, Ilha do Candapuí e Ilha Branca. Ninguém sabe exatamente a partir de quando passou a ser chamada de Ilha Comprida. Alguns atribuem a denominação devido o extenso comprimento e a largura reduzida.
A história dessa estância balneária que hoje atrai turistas de todo o Brasil e de outros lugares do mundo, está diretamente ligada à história do descobrimento do Brasil.
De acordo com registros históricos, no ano de 1502, um judeu que foi expulso de Portugal por suas idéias religiosas, chamado de Mestre Cosme Fernandes Pesso ou "Bacharel" como era conhecido, desembarcou na Ilha do Bom Abrigo, localizada ao sul de Ilha Comprida. Ao explorar a região, descobriu Ilha Comprida, porém, nesta época o local era habitado por índios Tupis, que o aprisionaram. Após algum tempo o judeu ganhou a confiança da tribo e acabou se casando com a filha do cacique da tribo. Alguns anos depois, mais exatamente em 1531, um português desembarcou na Ilha do Bom Abrigo com sua esquadra.Era o navegador Martim Afonso de Souza. Conhecendo Ilha Comprida, decidiu fundar a Vila de Maratayam ou Vila dos Tupis, para ser a sede da primeira vila. O povoado permaneceu por aproximadamente 80 anos.
No ano de 1534, o espanhol Ruy Mosquera chegou a Ilha Comprida e construiu um forte na Ponta de Trincheira, onde ele e o amigo Bacharel passaram a fazer operações de pirataria e saques. No começo do século 17 a Coroa Portuguesa criou as "Cartas de Sesmarias”, ou seja, a divisão das terras. A partir disso, novas vilas surgiram, dentre estas a Vila de Nossa Senhora da Conceição da Marinha, em 1770. Nestes tempos a Vila possuía Câmara de vereadores, igreja e cemitério.
Logo no início do século 20, sob a denominação de “Vila de Pedrinhas” já havia recursos da pesca e do extrativismo. No ano de 1938 o território de Ilha Comprida dividiu-se em duas partes: foram criadas as cidades de Iguape (com 70% da área) e Cananéia (30%). Na década de 50 desencadeou-se um crescimento imobiliário e em 1987, Ilha Comprida foi declarada Área de Proteção Ambiental Estadual (APA).
Devido o rápido crescimento começou por volta de 1990 um movimento pela emancipação de Ilha Comprida e no dia 27 de outubro de 1991, o plebiscito decretou vitória à emancipação, com cerca de 87% dos votos. O município foi então elevado à condição de Estância Balneária no dia 07 de dezembro de 1994.