Se a preferência for viajar via aérea, os aeroportos mais próximos de Ilha Comprida são os localizados na capital São Paulo, o Congonhas e o Cumbica (Guarulhos) e os situados no estado do Paraná, o Afonso Pena e o Bacacheri.
Ilha Comprida está localizada a 200 quilômetros da capital São Paulo. Para quem viaja de carro o acesso até a ilha é feito pela Rodovia Régis Bittencourt (BR-116) até o trevo da cidade de Iguape, de onde se segue pela Rodovia Casimiro Teixeira (SP-222). O acesso Iguape-Ilha é pela Ponte Prefeito Laércio Ribeiro. A partir da região sul do país por Curitiba, no Paraná, são 260 quilômetros percorridos também pela Rodovia Régis Bittencourt (BR-116) até o trevo de Pariquera-Açu, pelas Rodovias Ivo Zanella e SP 226.
Para quem vem da cidade de Cananéia o acesso à ilha é a partir do Boqueirão Sul feito por balsas.